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Facturation électronique pour les professionnels de santé libéraux

Une infirmière libérale ne facture presque jamais au sens de la réforme : ses actes partent en télétransmission, et ses soins sont exonérés de taxe sur la valeur ajoutée. Ce qui la concerne vraiment, ce sont les factures qu'elle reçoit et les rares qu'elle émet hors soins.

Ingénieur Arts & Métiers, docteur en génie des matériaux Mis à jour le 25 September 2026
Le point de départ : un acte n'est pas une facture

La réforme porte sur les factures entre entreprises. Un acte pris en charge par l’Assurance maladie n’en est pas une : c’est une feuille de soins, transmise par un circuit qui lui est propre. Partir de là évite de chercher une obligation là où il n’y en a pas.

Trois flux, et un seul relève de la réforme

Une infirmière libérale voit passer trois sortes de mouvements, et ils ne se ressemblent pas.

Les actes remboursés partent en feuille de soins électronique vers la caisse d’assurance maladie et, en tiers payant, vers la complémentaire. Ce circuit est celui de SESAM-Vitale. Il ne produit pas de facture au sens de la réforme, et il n’est pas modifié par elle.

La part réglée directement par le patient — dépassement, acte non remboursé, part restant à sa charge — est une opération avec un particulier. Elle ne relève jamais de la facturation électronique entre entreprises, qui ne vise que les échanges entre professionnels.

Ce que vous achetez est la seule partie qui vous concerne à coup sûr. Matériel de soin, véhicule, honoraires de votre comptable, assurance, loyer du cabinet : ces factures-là viennent d’entreprises, et elles basculeront au format électronique.

L’exonération, et ce qu’elle ne dispense pas de faire

Les soins dispensés aux personnes par les auxiliaires médicaux sont exonérés de taxe sur la valeur ajoutée. Une professionnelle dont l’intégralité de l’activité est exonérée n’est pas assujettie, et l’obligation d’émission ne l’atteint pas.

Deux précautions, cependant.

La première : l’exonération porte sur les soins, pas sur votre personne. Une salle louée, une formation donnée, du matériel mis à disposition d’une consœur sont des opérations distinctes, qui peuvent être soumises. Une seule suffit à vous faire entrer dans le champ pour ces opérations-là.

La seconde : ne pas être tenue d’émettre ne veut pas dire ne pas être tenue de recevoir. La distinction est celle qui coûte le plus cher à ignorer, parce qu’elle joue un an plus tôt.

Ce que vous risquez vraiment de rater

Votre fournisseur de dispositifs médicaux, votre cabinet comptable, votre assureur et votre bailleur sont des entreprises ordinaires, soumises au calendrier commun. Dès septembre 2026, ils peuvent vous adresser leurs factures par une plateforme agréée. Une facture qu’on ne sait pas recevoir n’est pas une facture perdue : c’est une facture qu’on retrouve en retard, après relance, parfois après majoration.

L’émission suit en septembre 2027 pour les entreprises concernées. Si toute votre activité est exonérée, cette seconde échéance ne vous vise pas ; si une part ne l’est pas, elle vous vise pour cette part.

Ce qu’OrgaVision fait, et ce qu’il ne fait pas

Il tient la gestion de votre cabinet : vos recettes ventilées par payeur — caisse, complémentaire, patient —, les rétrocessions versées à vos remplaçantes, vos kilomètres et vos frais de véhicule, les charges du cabinet, et le bilan de l’année, avec ses totaux à recopier sur votre déclaration et son tableur à emporter chez votre comptable.

Il ne tient aucune donnée de patient, par construction. Pas de dossier de soins, pas de nom, pas de pathologie, pas de photo. Rien de ce qui relève du secret médical n’entre dans l’application, et ce n’est pas un réglage : c’est l’architecture.

Il ne cote aucun acte, ne transmet rien à l’Assurance maladie et ne remplace pas votre logiciel agréé SESAM-Vitale. Les deux outils cohabitent : l’un parle à la caisse, l’autre tient votre cabinet.

Le tiers payant ne devient pas une facture électronique

C’est la confusion la plus fréquente, et elle vient d’une ressemblance de vocabulaire. En tiers payant, vous ne réclamez rien au patient : la part obligatoire est demandée à la caisse, la part complémentaire à la mutuelle, et les deux voyagent dans la feuille de soins électronique. Le mot « facture » n’apparaît nulle part dans ce circuit, et la mutuelle n’est pas votre cliente au sens de la réforme : elle est le payeur d’une prestation de soins exonérée.

La conséquence pratique est rassurante : un retour NOEMIE, un rejet de la caisse, une part complémentaire impayée continueront de se traiter exactement comme aujourd’hui, dans votre logiciel agréé. Aucune plateforme agréée ne s’intercale, aucun nouveau format ne s’impose, et personne ne vous demandera d’émettre un Factur-X pour un acte coté.

Ce qui reste à votre charge, en revanche, ne change pas non plus : suivre ce qui est réellement rentré. Une part complémentaire rejetée trois mois plus tôt et jamais relancée est une recette perdue, et aucun format de facture n’y peut quoi que ce soit. C’est précisément ce que le livre des recettes ventilé par payeur permet de voir d’un coup d’œil : ce qui est venu de la caisse, ce qui est venu des mutuelles, ce que les patients ont réglé directement.

Les remplacements, vus des deux côtés

La rétrocession d’honoraires mérite d’être regardée dans les deux sens, parce que les deux professionnelles n’ont pas le même geste à faire.

Côté titulaire, ce que vous reversez à votre remplaçante sort de votre poche : c’est une charge de votre cabinet, à déduire de vos recettes avant de déclarer votre résultat. Elle se suit comme une dépense, avec sa nature propre, et elle apparaît en clair sur le bilan de l’année — sans elle, votre résultat serait surestimé de tout ce que vous avez reversé.

Côté remplaçante, la même somme est une recette : elle vous est versée par une consœur, et elle constitue votre chiffre d’affaires de la période. Vous établissez une note d’honoraires rétrocédés, qui suit le régime de l’activité — exonérée entre deux praticiennes dont les soins le sont.

Aucun de ces deux gestes n’est une facture électronique entre entreprises au sens de la réforme, tant que l’exonération s’applique. Et c’est pour cette raison que la rétrocession se saisit dans OrgaVision comme une dépense ordinaire du cabinet, sans plateforme ni format structuré.

Le geste utile aujourd’hui

Il n’est pas technique. Il consiste à savoir, avant l’échéance, si une part de votre activité sort du champ des soins exonérés — une location, une formation, une mise à disposition. Si la réponse est non, vous n’avez qu’à pouvoir recevoir. Si elle est oui, ne serait-ce que pour une ligne, la question de l’émission se pose pour cette ligne, et elle se tranche avec votre expert-comptable, pas au jugé.

Questions fréquentes

Mes actes remboursés deviennent-ils des factures électroniques ?

Non. Un acte pris en charge par l'Assurance maladie ne circule pas sous forme de facture : il part en feuille de soins électronique par le circuit SESAM-Vitale, vers la caisse et vers la complémentaire. Ce circuit existe depuis vingt ans, il n'est pas remplacé par la facturation électronique, et rien de ce que vous en faites aujourd'hui ne change.

Mes soins étant exonérés de TVA, suis-je concernée ?

Les soins dispensés aux personnes par les auxiliaires médicaux sont exonérés de taxe sur la valeur ajoutée. Une professionnelle dont toute l'activité est exonérée n'est pas assujettie, et se trouve donc en principe hors du champ de l'obligation. Mais une seule opération soumise suffit à changer la réponse, et c'est un point où votre statut réel prime sur votre intuition : faites-le confirmer par votre expert-comptable plutôt que de conclure seule que vous n'êtes pas concernée.

Et la rétrocession que me verse ma remplaçante ?

C'est une opération entre deux professionnelles, et elle donne lieu à une note d'honoraires rétrocédés. Son régime suit celui de l'activité : entre deux praticiennes dont les soins sont exonérés, la note l'est aussi. C'est le cas le plus fréquent, et c'est précisément pour ça que la rétrocession se suit dans OrgaVision comme une dépense du cabinet, pas comme une facture à transmettre.

Alors qu'est-ce qui me concerne vraiment ?

Ce que vous RECEVEZ. Votre fournisseur de matériel, votre comptable, votre assureur, votre bailleur : dès septembre 2026, ils peuvent vous adresser leurs factures au format électronique par une plateforme agréée, et il faut pouvoir les recevoir. C'est l'échéance qui arrive la première, et c'est celle qu'on sous-estime le plus, parce qu'elle ne demande d'émettre strictement rien.

Je loue une salle ou je forme des confrères : ça change quelque chose ?

Oui, et c'est le cas qui bascule. Une location de local aménagé, une prestation de formation, la mise à disposition de matériel à une consœur : ces opérations-là ne sont pas des soins, et elles peuvent être soumises à la taxe sur la valeur ajoutée. Dès lors, vous devenez assujettie, et les factures adressées à un professionnel entrent dans le champ de l'obligation d'émission.

OrgaVision transmet-il mes actes à la caisse ?

Non, et c'est volontaire. OrgaVision ne remplace pas votre logiciel agréé SESAM-Vitale, ne cote aucun acte et ne tient aucun dossier de patient. Il tient la gestion de votre cabinet : ce qui est entré, par quel payeur, ce que vous avez reversé à vos remplaçantes, vos kilomètres et vos charges, et le bilan de l'année à recopier sur votre déclaration.

DJ

Dimitri Jacquin

Fondateur OrgaVision · Édition de logiciels conformes DGFiP

Développeur et entrepreneur, je conçois OrgaVision avec une obsession : rendre la conformité fiscale française invisible pour les artisans et PME. Mon parcours côté édition et ma collaboration avec la PA partenaire me permettent de garantir que chaque facture émise par OrgaVision est conforme au premier coup.

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