Facturation électronique pour professionnels de santé

La réforme de la facturation électronique arrive dans les cabinets médicaux, paramédicaux et dentaires. Elle y arrive moins fort qu’on le dit : un acte remboursé n’est pas une facture, et la plupart des soins sont exonérés de TVA. Ce qui concerne chaque cabinet, en revanche, ce sont les factures qu’il reçoit, et les rares qu’il émet à des professionnels.

Cet article explique qui est concerné, quand, et comment préparer votre cabinet.

Qui est concerné par la facturation électronique ?

Le point de départ : un acte n’est pas une facture

La réforme porte sur les factures entre entreprises. Un acte pris en charge par l’Assurance maladie n’en est pas une : c’est une feuille de soins, transmise par le circuit SESAM-Vitale. Partir de là évite de chercher une obligation là où il n’y en a pas.

L’exonération de TVA, et ce qu’elle ne dispense pas de faire

Médecins, kinés, infirmiers : leurs soins sont exonérés de TVA. Une professionnelle dont l’intégralité de l’activité est exonérée n’est pas assujettie, et l’obligation d’émission ne l’atteint pas.

Deux précautions, cependant :

• L’exonération porte sur les soins, pas sur votre personne. Une salle louée, une formation donnée, du matériel mis à disposition d’un confrère sont des opérations distinctes, qui peuvent être soumises à la TVA. Une seule suffit à vous faire entrer dans le champ pour ces opérations-là.
• Ne pas être tenu d’émettre ne veut pas dire ne pas être tenu de recevoir. Vos fournisseurs vous adresseront leurs factures au format électronique.

Trois flux, et un seul relève de la réforme

C’est ici que tout se clarifie. La facturation électronique ne s’applique pas de la même façon selon le flux.

Les actes remboursés : la feuille de soins, pas une facture

Les actes remboursés partent en feuille de soins électronique vers la caisse d’assurance maladie et, en tiers payant, vers la complémentaire. Ce circuit est celui de SESAM-Vitale. Il ne produit pas de facture au sens de la réforme, et il n’est pas modifié par elle.

En tiers payant, la mutuelle n’est pas votre cliente au sens de la réforme : elle est le payeur d’une prestation de soins exonérée. Un retour NOEMIE, un rejet de la caisse, une part complémentaire impayée continueront de se traiter exactement comme aujourd’hui, dans votre logiciel agréé.

La part réglée par le patient : une opération avec un particulier

Dépassement d’honoraires, acte non remboursé, part restant à la charge du patient : c’est une opération avec un particulier. Elle ne relève jamais de la facturation électronique entre entreprises, qui ne vise que les échanges entre professionnels.

Ce que vous facturez à un professionnel, et ce que vous achetez

Bilans pour une structure, vacations, honoraires facturés à une entreprise, une maison de santé ou une collectivité : ces factures-là sont des factures ordinaires, et elles peuvent devenir électroniques si l’opération n’est pas un soin exonéré.

Ce que vous achetez est la partie qui vous concerne à coup sûr : matériel de soin, véhicule, honoraires de votre comptable, assurance, loyer du cabinet. Ces factures viennent d’entreprises, et elles basculent au format électronique.

Le calendrier pour les professionnels de santé

Phase 1 : Réception obligatoire (septembre 2026)

À partir du 1er septembre 2026, vous devez être capable de recevoir des factures électroniques de :

• Fournisseurs de fournitures et de dispositifs médicaux
• Laboratoires
• Fabricants de matériel
• Prestataires de services (comptable, assurance, bailleur, nettoyage, maintenance)

C’est l’échéance qui arrive la première, et c’est celle qu’on sous-estime le plus, parce qu’elle ne demande d’émettre strictement rien.

Phase 2 : Émission obligatoire (septembre 2027)

À partir du 1er septembre 2027, les TPE et PME concernées doivent émettre leurs factures aux professionnels au format électronique. Si toute votre activité est exonérée, cette seconde échéance ne vous vise pas ; si une part ne l’est pas, elle vous vise pour cette part :

• Actes ou bilans facturés à des structures (cliniques, EHPAD, entreprises)
• Location d’un local, formation, mise à disposition de matériel facturées à un professionnel

Comment se préparer concrètement ?

Étape 1 : Auditer votre situation

Posez-vous ces questions simples :

1. Une part de votre activité sort-elle des soins exonérés ?
   • Oui (location, formation, mise à disposition) → l’émission vous concerne pour cette part
   • Non → vous n’avez qu’à pouvoir recevoir
2. À qui facturez-vous ?
   • Assurance maladie et complémentaire, par la feuille de soins → hors réforme
   • Patients → hors facturation électronique entre entreprises
   • Entreprises, cliniques, EHPAD, collectivités → facture électronique si l’opération est soumise

Action : listez vos principaux types de facturation et rangez-les dans l’un de ces trois flux.

Étape 2 : Choisir un logiciel compatible

Votre logiciel de gestion de cabinet doit supporter :

• Génération Factur-X (profil EN16931 minimum) via une plateforme agréée
• Réception des factures de vos fournisseurs
• Archivage 10 ans des factures

Il ne remplace pas votre logiciel agréé SESAM-Vitale : les deux cohabitent, l’un parle à la caisse, l’autre tient votre cabinet.

Étape 3 : Mettre à jour vos données clients

Pour générer du Factur-X valide, vous devez avoir :

• SIRET de chaque client professionnel
• Nom juridique exact
• Adresse complète
• Numéro de TVA (si applicable)

Passez en revue vos tiers facturés et complétez les données manquantes dès maintenant.

Étape 4 : Former votre équipe

Vos assistantes, secrétaires médicales, ou collaborateurs doivent comprendre :

• La différence entre la feuille de soins (assurance maladie) et la facture électronique (professionnels)
• Où cocher ou sélectionner “Factur-X” dans votre logiciel
• Quand exporter/envoyer une facture électronique

Étape 5 : Tester avant septembre 2027

Quelques mois avant l’échéance :

• Générez quelques factures Factur-X de test
• Vérifiez qu’elles s’ouvrent correctement (PDF + XML)
• Testez l’envoi à vos clients professionnels
• Identifiez les problèmes avant l’échéance

OrgaVision pour les professions de santé

OrgaVision tient la gestion de votre cabinet, pas vos soins.

Ce qu’il fait

• Vos recettes ventilées par payeur — caisse, complémentaire, patients —, en montants globaux
• Les rétrocessions versées à vos remplaçantes, vos kilomètres et vos frais de véhicule, les charges du cabinet
• Le bilan de l’année, avec ses totaux à recopier sur votre déclaration et son tableur à emporter chez votre comptable
• Vos factures hors assurance maladie (bilans pour une structure, vacations, honoraires facturés à une entreprise), émises au format Factur-X via une plateforme agréée

Ce qu’il ne fait pas

• Il ne tient aucune donnée de patient, par construction : pas de dossier de soins, pas de nom, pas de pathologie. Le serveur refuse toute donnée de santé.
• Il ne cote aucun acte, ne transmet rien à l’Assurance maladie et ne remplace pas votre logiciel agréé SESAM-Vitale.

Exemple concret : kinésithérapeute

Vous, kinésithérapeute :

1. Acte remboursé : ce n’est pas une facture. Il part en feuille de soins électronique vers la caisse, depuis votre logiciel agréé SESAM-Vitale. OrgaVision ne transmet rien à l’Assurance maladie : il range la recette dans votre livre des recettes, par payeur.
2. Dépassement d’honoraires : le patient le règle lui-même. C’est une opération avec un particulier, pas une facture électronique entre entreprises ; la recette se range sous « patients ».
3. Bilan pour une entreprise : facturé directement à une PME → c’est une facture à un professionnel, qu’OrgaVision émet au format Factur-X via une plateforme agréée. Votre expert-comptable vous dit si l’opération est exonérée.

⚠️ Ce qui n’est pas couvert, et qui n’a rien à voir : la télétransmission Sesam-Vitale à l’assurance maladie. OrgaVision n’est pas agréé par le CNDA, ne lit pas la puce d’une carte Vitale, ne produit aucun fichier de feuille de soins et n’échange rien avec la CPAM. Pour la part assurance maladie, vous gardez votre logiciel de télétransmission.

Ressources et liens utiles

Pour approfondir vos connaissances :

• Guide complet facturation électronique 2026 : contexte réglementaire général
• Format Factur-X expliqué : détails techniques du format
• Facturation électronique pour les professionnels de santé libéraux : la ligne de partage entre soins, patients et professionnels
• Page facturation électronique : solutions OrgaVision
• Portail Public de Facturation (PPF) : l’annuaire central de la facturation électronique
• Service Public Entreprendre, « Facturation électronique : les sanctions évoluent » (20 février 2026) : les montants des sanctions
• Loi n° 2026-103 du 19 février 2026 de finances pour 2026, article 123 : le texte qui les fixe

Prochaines étapes pour votre cabinet

Dès maintenant

1. Identifiez votre situation : une part de votre activité sort-elle des soins exonérés ?
2. Auditez vos clients : qui est un professionnel, qui est un patient ?
3. Contactez votre éditeur : demandez le support Factur-X

Avant septembre 2026

1. Testez la réception : acceptez une facture Factur-X d’un fournisseur pour vérifier votre système
2. Mettez à jour SIRET/adresses : des clients professionnels

Avant septembre 2027

1. Générez des factures de test : en format Factur-X avec votre logiciel
2. Formez votre équipe : feuille de soins d’un côté, facture électronique de l’autre
3. Lancez le déploiement : vos factures aux professionnels passent au format Factur-X