Facturation électronique pour professionnels de santé

Infirmiers, kinés, ostéopathes, médecins : la facturation électronique devient obligatoire. Découvrez ce qui change pour les professionnels de santé libéraux et comment vous y préparer simplement.

DI
Ingénieur Arts & Métiers, docteur en génie des matériaux, fondateur d'OrgaVision
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Tout ce qu'il faut savoir

La réforme de la facturation électronique obligatoire frappe à la porte des cabinets médicaux, cliniques dentaires et autres professionnels de santé libéraux. Contrairement aux PME qui avaient des délais progressifs, les professionnels de santé qui facturent des tiers sont soumis à des obligations spécifiques et à un calendrier unique.

Cet article explique exactement qui est concerné, quand, et comment préparer votre cabinet ou cabinet para-médical à cette transition obligatoire.

Qui est concerné par la facturation électronique ?

Les professionnels libéraux de santé concernés

Êtes-vous un professionnel de santé assujetti à la TVA ? Alors vous êtes concerné. Cela inclut :

  • Kinésithérapeutes (notamment pour les actes hors-nomenclature, mutuelles, complémentaires)
  • Ostéopathes (quasi-systématiquement, car TVA appliquée)
  • Dentistes (dépassements tarifaires, frais annexes)
  • Pédicures-podologues (actes non remboursés)
  • Infirmiers libéraux (uniquement pour actes privés hors CPAM)
  • Psychologues (si TVA choisie ; certains sont exonérés)
  • Médecins généralistes et spécialistes (dépassements, consultations privées)
  • Orthophonistes, ergothérapeutes (actes non remboursés, forfaits)
  • Dentistes et chirurgiens-dentistes (dépassements tarifaires)

Critère principal : vous facturez une autre entreprise, collectivité, ou organisme assujettu à la TVA, ET vous avez une base imposable (activité professionnelle non exonérée).

Les professionnels exonérés ou partiellement concernés

  • Médecins, kinés, infirmiers : exonérés de TVA sur les actes CPAM remboursés ✅ (sauf obligations de reporting)
  • Professionnels optant pour TVA : alors tout est concerné
  • Consultations purement privées : si aucun reporting administratif

Cas spécial : actes CPAM vs actes hors nomenclature

C’est ici que ça devient compliqué pour les professionnels de santé. La facturation électronique ne s’applique pas de la même façon selon le type d’acte.

Actes CPAM remboursables = B2C administratif

Quand vous facturez un acte CPAM (kinésithérapie de rééducation, consultation médicale couverte, etc.), vous factigurez techniquement :

  • En B2C (de professionnel à « final consumer »)
  • La CPAM reçoit un e-reporting de TVA (pas une facture électronique)
  • Vous n’avez pas besoin d’envoyer une facture Factur-X à la CPAM

Obligations :

  • Rapportage TVA mensuel à l’administration (via e-reporting, géré par Secu-Santé)
  • Documentation comptable (facture ou bulletin de soins)

Actes hors-nomenclature ou privés = B2B potentiel

Dès que vous facturez :

  • Un dépassement tarifaire à une mutuelle ou assurance
  • Une consultation privée à un entreprise (bilan de santé d’employés, consultations en SPA, etc.)
  • Une prestation paramédicale à un cabinet groupe, clinique, EHPAD, centre de bien-être
  • Des actes non remboursés facturés directement à un tiers (ex: ostéopathie à une assurance entreprise)

Alors : c’est du B2B, et la facturation électronique Factur-X devient obligatoire.

**CPAM = e-reporting TVA uniquement** (pas facture électronique au format Factur-X) **Tiers assujetis = Factur-X obligatoire** Beaucoup de professionnels de santé pensent à tort qu'ils ne sont pas concernés parce qu'ils facturent la CPAM. C'est vrai pour les actes remboursés, mais faux pour les dépassements et actes privés.

Le calendrier pour les professionnels de santé

Contrairement aux PME qui bénéficient de délais étagés jusqu’en 2027, les professionnels de santé en libéral ont un calendrier unique et précis.

Phase 1 : Réception obligatoire (septembre 2026)

À partir du 1er septembre 2026, vous devez être capable de recevoir des factures électroniques Factur-X de :

  • Fournisseurs de fournitures médicales
  • Laboratoires d’analyses
  • Fabricants de matériel
  • Prestataires de services (nettoyage, maintenance)

Obligation de recevoir ≠ obligation de traiter immédiatement, mais vous devez les accepter dans votre système comptable.

Phase 2 : Émission obligatoire (septembre 2027)

À partir du 1er septembre 2027, vous devez émettre des factures électroniques Factur-X pour toute facturation B2B :

  • Dépassements tarifaires aux mutuelles et assurances
  • Actes privés à des structures (cliniques, EHPAD, entreprises)
  • Consultations ou prestations facturées à des tiers assujetis à la TVA

Vous avez jusqu’à septembre 2027 pour préparer votre système. C’est plus tard que les PME (septembre 2026), ce qui vous laisse 18 mois de marge.

Cas CPAM et e-reporting

E-reporting TVA (obligatoire depuis janvier 2025) :

  • Vous rapportez les données d’actes CPAM directement à l’administration via Secu-Santé
  • Ceci ne remplace pas une facture électronique Factur-X
  • C’est un reporting administratif séparé, géré généralement par votre logiciel de caisse ou cabinetologie

Comment se préparer concrètement ?

Étape 1 : Auditer votre situation

Posez-vous ces questions simples :

  1. Suis-je assujettu à la TVA ?
    • Oui → vous êtes concerné (au moins partiellement)
    • Non (exonéré) → pas concerné pour le B2B
  2. Facturez-vous des tiers autres que particuliers ?
    • Mutuelles, assurances → B2B, Factur-X obligatoire
    • CPAM uniquement → e-reporting uniquement
    • Entreprises, cliniques, EHPAD → B2B, Factur-X obligatoire
  3. Avez-vous des dépassements tarifaires ?
    • Oui → B2B si facturés à un tiers assujettu
    • Non → uniquement e-reporting CPAM

Action : listez vos 3-5 types de facturation principaux et classez-les B2B ou B2C.

Étape 2 : Choisir un logiciel compatible

Votre logiciel de caisse ou de gestion de cabinet doit supporter :

  • Génération Factur-X (profil EN16931 minimum)
  • E-reporting TVA (pour actes CPAM)
  • Archivage 10 ans des factures

Logiciels compatibles (non-exhaustif) :

  • OrgaVision : module santé natif, génération Factur-X automatique, support NGAP/e-reporting
  • MédiFile, Doctolib Pro : intégrations prévues
  • Axiopro : support progressive
  • Adecom-Data : compatible pour cabinet médical

Vérifiez auprès de votre éditeur : demandez explicitement : “Générez-vous du Factur-X pour la facturation B2B ?”

Étape 3 : Mettre à jour vos données clients

Pour générer du Factur-X valide, vous devez avoir :

  • SIRET de chaque client professionnel
  • Nom juridique exact
  • Adresse complète
  • Numéro de TVA (si applicable)

Passez en revue vos tiers facturés et complétez les données manquantes dès maintenant.

Étape 4 : Former votre équipe

Vos assistantes, secrétaires médicales, ou collaborateurs doivent comprendre :

  • La différence entre facturation CPAM (e-reporting) et facturation B2B (Factur-X)
  • Où cocher ou sélectionner “Factur-X” dans votre logiciel
  • Quand exporter/envoyer une facture électronique

Temps estimé : 30 minutes de formation par personne.

Étape 5 : Tester avant septembre 2027

3-4 mois avant la deadline (mai-juin 2027) :

  • Générez quelques factures Factur-X de test
  • Vérifiez qu’elles s’ouvrent correctement (PDF + XML)
  • Testez la transmission à vos mutuelles/assurances partenaires
  • Identifiez les problèmes avant la deadline obligatoire

OrgaVision pour les professions de santé

OrgaVision intègre un module santé libérale complet, spécialement conçu pour les infirmiers, kinés, ostéopathes et autres professionnels de santé.

Fonctionnalités principales

Gestion des patients/contacts

  • CRM transversal avec type “patient” spécialisé
  • Historique d’actes et de facturation
  • Fiches contact enrichies (antécédents, notes cliniques si intégration EMR)

Facturation NGAP et actes privés

  • Support natif du code NGAP (nomenclature générale des actes professionnels)
  • Génération automatique Factur-X pour actes privés facturés à tiers
  • E-reporting TVA intégré pour actes CPAM

Invoices multi-type

  • Type ngap : pour actes nomenclature avec code NGAP
  • Type standard : pour consultations privées ou forfaits
  • Discrimination automatique B2B vs B2C

Archivage légal

  • Conservation 10 ans de toutes les factures (PDF + XML)
  • Audit trail complet des modifications
  • Certification conformité fiscale

Exemple concret : kinésithérapeute

Vous, kinésithérapeute :

  1. Acte remboursé : le patient est un particulier, l’opération relève de l’e-reporting, qu’OrgaVision transmet. Aucune feuille ni bulletin de soins n’est produit ici : la télétransmission reste dans votre logiciel agréé.
  2. Dépassement tarifaire : Même patient, frais supplémentaires → Factur-X généré automatiquement et envoyé à la mutuelle
  3. Bilan de santé entreprise : Facturation directe à une PME pour un bilan collectif → Factur-X obligatoire, OrgaVision le génère

Avantages pour votre cabinet

Des factures au bon format : Factur-X contrôlé contre le schéma officiel avant émission ✅ Moins de saisie : les factures se composent depuis vos actes, sans ressaisie

⚠️ Ce qui n’est pas couvert, et qui n’a rien à voir : la télétransmission Sesam-Vitale à l’assurance maladie. OrgaVision n’est pas agréé par le CNDA, ne lit pas la puce d’une carte Vitale, ne produit aucun fichier de feuille de soins et n’échange rien avec la CPAM. Cette page traite de la facturation hors assurance maladie : vos honoraires facturés à une structure, à une entreprise ou à une collectivité. Pour la part assurance maladie, vous gardez votre logiciel de télétransmission. ✅ CRM patient complet : historique, relances, statistiques par acte ✅ Intégration comptabilité : export vers comptable ou logiciel comptable

OrgaVision intègre un module complet pour professionnels de santé libéraux, avec CRM patient, NGAP natif, et Factur-X automatique. Aucune configuration complexe requise.


Ressources et liens utiles

Pour approfondir vos connaissances :


Prochaines étapes pour votre cabinet

Immédiatement (avant juin 2026)

  1. Identifiez votre situation : CPAM uniquement ou aussi des tiers ?
  2. Auditez vos clients : qui est B2B, qui est B2C ?
  3. Contactez votre éditeur : demandez le support Factur-X

Avant septembre 2026

  1. Testez la réception : acceptez une facture Factur-X d’un fournisseur pour vérifier votre système
  2. Mettez à jour SIRET/adresses : des clients professionnels

Avant septembre 2027

  1. Générez des factures de test : en format Factur-X avec votre logiciel
  2. Formez votre équipe : 30 minutes de présentation
  3. Lancez le déploiement : passez à 100% Factur-X dès septembre 2027

Questions fréquentes

Je suis médecin généraliste, je ne vends que des consultations CPAM. Suis-je vraiment concerné ?
Dépend. Si vous n'avez aucun dépassement tarifaire et ne facturez jamais d'autres tiers, alors vous n'êtes concerné que par e-reporting TVA CPAM (obligation depuis 2025, généralement gérée par votre éditeur). Mais si vous avez ne serait-ce qu'un dépassement tarifaire ou consultation privée, alors Factur-X obligatoire en septembre 2027.
Je suis kinésithérapeute libéral et j'ai une section CPAM + des actes privés. Comment je fais ?
Les deux se traitent, et il faut être précis sur ce que « traiter » veut dire. Un acte remboursé est facturé à un particulier : l'opération relève de l'e-reporting, qu'OrgaVision transmet. Un acte facturé à un tiers (mutuelle, assurance, entreprise) relève de Factur-X, qu'OrgaVision produit. Vous indiquez le type d'acte, le reste suit. Ce qui n'est PAS couvert, et qui n'a rien à voir : la télétransmission à l'assurance maladie. Elle reste dans votre logiciel agréé, nous ne sommes pas raccordés.
Que risque-je si je ne suis pas conforme en septembre 2027 ?
Amende de 50 € par facture non émise au format électronique (plafonnée à 15 000 € par année civile). Si vous facturez 100 tiers par an, c'est 5 000 €. Une première infraction réparée spontanément ou dans les 30 jours suivant la demande de l'administration n'est pas sanctionnée. D'où l'importance de préparer dès maintenant.
Peut-on utiliser le Portail Public de Facturation (PPF) pour les factures B2B de professions santé ?
Techniquement oui, mais c'est peu intuitif. Le PPF est plus pensé pour les PME classiques. Un logiciel spécialisé comme OrgaVision génère et stocke les Factur-X automatiquement, c'est beaucoup plus simple. Vous gardez l'accès à la PA en secours, mais n'en avez pas besoin au quotidien.
Comment je sais si un logiciel est compatible pour mon cabinet ?
Posez ces questions à votre éditeur : 1. "Générez-vous automatiquement du Factur-X en profil EN16931 ?" 2. "Supportez-vous la nomenclature NGAP pour les actes santé ?" 3. "Quel est le schéma de taxonomie d'actes utilisé ?" 4. "Archivez-vous 10 ans ?" Si la réponse est oui à tous, c'est bon.
E-reporting CPAM et Factur-X, c'est la même chose ?
Non. E-reporting TVA CPAM = déclaration administrative à la Sécu pour actes remboursés (B2C). Factur-X = facture électronique structurée pour tiers assujetis (B2B). Deux systèmes distincts. E-reporting existe depuis 2025 (obligatoire), Factur-X l'est depuis septembre 2027 pour professionnels de santé. ---

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À propos de l'auteur

Dimitri Jacquin

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